秋季是收获的季节，同时也是苗木养护管理的重要季节之一。随着苗木养护技术逐渐发展，从业人员在秋季做的工作也越来越多。秋季养护能较好地解决春季养护时间短、春旱和劳动力紧张的问题，除了修剪造型、防寒、病虫害防治之外，如今很多苗木的繁殖和移栽定植也经常在秋季进行。

病虫害防治随着秋冬季节的来临，苗圃内的植物逐渐键入休眠状态，叶片脱落，病虫害的发生相对较少。不过，很多能够越冬的害虫会在秋季产卵，为下一代的生存发育寻找适宜的场所，病害也会随落叶散落于苗圃各处。若能在此时做好清理工作，进行预防，将比病虫大量发生时再着急上火简单高效的多。

移栽定植秋季气温逐渐下降，水分蒸腾量较低，土壤中的水分含量相对稳定，在土壤温度尚高的情况下，秋季栽植的耐寒树种根系还能恢复生长，故成活率较高。秋季移植在苗木上半部分停止生长、落叶树叶柄形成离层脱落或人工脱落时即可开始进行。因为这时根系尚未停止活动，移植后有利于根系伤口恢复。

繁殖大部分人一般会在春季对苗木进行繁殖，但有研究表明，有些品种在秋季繁殖成活率也很高，其中既包括白皮松、银杏、刺槐等乔木，也有红叶小檗，金叶女贞等灌木。例如，银杏就可以在秋季采用光枝扦插法进行繁殖，而很多杉树品种在秋季进行扦插繁殖的成活率也很高。另外，利用阴雨天在秋季进行播种苗、嫁接苗、扦插苗的移栽定植工作，也是提高效率和保证成活率的重要手段。

修剪造型不断降低的温度令苗木的生长越来越弱，终进入休眠状态，落叶树种也在这一过程中开始落叶。在这一阶段修剪，对树体造成的损伤相对较小。同时，对落叶树种的造型来说，叶片落下之后，树体的形态能够相对清晰地呈现在工作人眼前，使造型工作更加容易。另外，能保证苗木更好生长的拉枝一年四季都可进行，但以秋季拉枝效果好。原因是与春季拉枝相比，植株背上不会萌发旺枝，而且秋季树植柔软，拉枝不易劈裂，拉枝后养分回流受阻，提高了树体各部位营养积累，有利于花芽分化。